생졸년 미상. 본관은 목천(木川), 호는 낙포(樂圃).

조부는 마희경(馬羲慶)이고, 부는 마덕룡(馬德龍)이다.

오음(梧陰) 윤두수(尹斗壽)에게 글을 배웠는데, 문장과 학문이 뛰어나서 월정(月汀) 윤근수(尹根壽)가 “문학으로는 세상에 마사종이 있다. 이는 서경(西京)의 아유(雅儒)다.”라고 칭찬했다고 전한다. 또 주자(朱子)의 가례(家禮)가 현실에 맞지 않다 하여 당시의 실정에 맞게 우리나라 고유(固有)의 예법(禮法)을 정립(定立)하였다.

저서로 『오륜통의(五倫通義)』, 『사례비요(四禮備要)』가 있는데, 우리나라 고유의 예법을 정립한 윤리도덕의 전서(典書)이다.