조선시대 정삼품아문(正三品衙門)으로 왕의 약을 조제(調劑)하는 일을 관장한다. 1392년(태조 1)에 설치한 내약방(內藥房)을 고친 이름으로 전의원(典醫院)‧혜민서(惠民署)와 함께 삼의원(三醫院)이라 하였다. 1443년(세종 25) 6월 이조의 건의를 받아들여 내약방을 내의원(內醫院)이라 칭하였다. 1885년(고종 22) 전의사(典醫司), 1895년(고종 32) 태의원(太醫院), 일제강점기에는 이왕직전의국(李王職典醫局)으로 바뀌었다.

내의원 관원으로는 도제조(都提調：正一品), 제조(提調：正二品), 부제조(副提調：正三品 堂上官)가 각 1원인데, 부제조는 승지가 겸하였다. 정(正：正三品) 1원, 첨정(僉正：從四品) 1원, 판관(判官：從五品) 1원, 주부(主簿：從六品) 1원, 직장(直長：從七品) 1원, 봉사(奉事：從八品) 2원, 부봉사(副奉事：正九品) 2원, 참봉(參奉：從九品) 1원으로 되어 있다.

의약청(議藥廳)의 의관(醫官)으로 본청어의(本廳御醫)가 10원, 내의(內醫)가 12원 있었고, 1673년(현종 14)에 의약동참(醫藥同參)을 12원, 1651년(효종 2)에 침의(鍼醫) 12원을 두었다. 어의의 관장(管掌) 하에 약색(藥色)이 있었고, 내의의 관장 하에 주색(酒色)과 향색(香色)이 있다.

이속(吏屬)으로는 서리(書吏)가 20인[경국대전에서는 서리 4인이었으나 속대전에서는 서원으로 낮추고 20인으로 하고, 대전회통에서는 서원 23인으로 증원], 종약서원(種藥書員)이 2인, 도약사령(擣藥使令) 2명, 의이사령(薏苡使令)이 2명, 군사(軍士)가 8명, 수공(水工) 7명, 차비대령(差備待令) 의녀(醫女)가 10명, 내의녀(內醫女)가 20명[혜민서(惠民署) 의녀(醫女)중에서 선입(選入)], 수공이 2명, 침의청수공(鍼醫廳水工)이 2명, 종약군사(種藥軍士) 2명, 의약청수공(議藥廳水工)이 2명, 수고고직(水庫庫直)이 1명, 수고군사(水庫軍士)가 2명, 병조이속군사(兵曹移屬軍士)가 10명, 침의청군사(鍼醫廳軍士)가 1명, 의약청군사(議藥廳軍士)가 1명이 있었다.

약방(藥房), 약원(藥院), 상약(尙藥), 장의(掌醫), 봉의(奉醫), 상의(尙醫), 내국(內局)